挑战难点主要集中在BOSS技能机制、地形利用、团队协作以及角色培养四个方面。针对BOSS技能，玩家需提前熟悉其攻击模式与技能前摇动作，例如佐井的大招释放前会有明显的蓄力动作，可通过替身术或Y轴位移规避。部分BOSS的致命技能如毒风秘境的毒雾喷射，需在2秒蓄力期内反向位移至其身后。保留奥义点用于无敌帧技能（如须佐能乎）可有效抵挡全屏伤害。
地形利用是规避伤害的核心策略之一。复杂地图中的岩石、建筑物等遮挡物能阻断直线型技能，如佐井的墨水攻击。毒风秘境中，玩家需动态观察毒雾扩散路径，优先击破场边的毒雾结晶体生成安全区。高处站位不仅能扩大视野预判攻击，还能规避地面范围技能。部分忍者如小南的式纸之舞可主动利用空中形态免疫地面伤害机制，这种角色与地形的适配性需重点考量。
团队副本中，沟通与角色互补至关重要。面对佩恩的五封结界，需分配队员快速集火石柱破除无敌状态。建议组建包含控制（如大蛇丸罗生门）、爆发输出（须佐能乎鼬）和治疗（百豪樱）的均衡阵容，通过语音协调技能释放时机。分散站位可降低被群体技能命中的风险，而通灵兽蛞蝓的群体治疗能抵消毒雾等持续伤害。
角色培养方面，优先提升具备机制特化的忍者。例如秽土转生忍者自带霸体特性，忍战李的高闪避适合应对速攻型BOSS。装备强化应侧重暴击率与属性抗性，秘卷选择治活再生或散可针对异常状态。日常任务获取的忍者碎片和天赋点需集中投入主力角色，避免资源分散导致战力瓶颈。
多次挑战失败后应复盘技能释放顺序与走位路径，必要时参考高手实战录像调整策略。游戏内机制如替身术的CD管理、奥义点预留等细节，往往成为突破难点的关键。
